应该是两个方面的原因：一是灾害的侵袭，干旱使耕地变成沙漠，古印第安人被迫迁徙。二是欧洲殖民统治，大肆屠杀土著印第安人，加速文明的毁灭，古印第安人为了生存，少量的流散各地，致使整个印第安人及其文明的消失！
印第安人的消失主要有三个因素：
.一、自然因素
由于环境的变迁，古印第安人几大文明地环境发生了变化，原适合耕种的地方干旱成了荒漠，迫使这些创造了辉煌文明的印第安人迁徙，文明逐步消失。（古时文明并不是整个地区发展一样，例如中国有5千年的文明史，战国时期已经开始奴隶社会向封建社会转变，至秦朝已经正式进入封建社会，一千多年后的宋代已经进入封建社会顶峰，并开始资本主义萌芽，可在唐末生活在黑龙江流域的女真族还是原始社会，直到宋初进入奴隶社会，灭辽和北宋后经汉化，才迅速变为封建社会的）。
二、传染病因素
由于欧洲殖民统治，大量屠杀土著印第安人，加速了文明毁灭的进程，同时由于美洲与其它大陆不相连（只是寒带北冰洋冰面相连），有些病不在这里传播，殖民统治，也带去了本土居民从没有的病症（感冒），使得这一在世界其它地方为小病的疾病，成了土著人的致命病症，人口大量死亡。
三、外族入侵因素
当初欧洲人进入印第安世界时也受到了当地土著人的强烈反抗，印第安人远古时期是从亚洲迁徙过去的亚洲黄种人，原来有马，但后来灭种消失了，使得印第安人对“马”予以神话，欧洲入侵时重新带入了马，骑马作战，当地人以为神灵（据说欧洲人晚上睡觉只要在营地周围放几匹马，当地土著人就不敢进攻），这样的战争怎么打呀？所以很快印第安人的政权（国家也好，部落也好，现在没有记载了）毁灭，少量印第安人退入雨林等原来人烟稀少的地方，印加文明终于被欧洲文明所取代。
